Am Ende der ersten Matrix taucht Neo in den Körper von Agent Smith ein, wird zu ihm und explodiert ihn. Dies ist das letzte Mal, dass sich Agent Smith wie ein normaler Agent verhält, bevor er sich in Matrix Reloaded virulent verhält. Sie können sicher sein, dass Neo zu diesem Zeitpunkt den Code von Agent Smith überschrieben hat. Um diese Behauptung in Matrix Revolutions während einer letzten Konfrontation zu unterstützen, schimpft Agent Smith darüber, wie etwas in Neo auf Agent Smith geschrieben worden sein könnte, und spekuliert, dass dies ein Grund für seine Transformation gewesen sein könnte.
In der ersten Matrix funktioniert Agent Smith wie ein Antivirenprogramm und Neo wie ein Hacker / Virus. Durch Matrix Revolutions verhält sich Agent Smith wie der Virus. Daher würde ich sagen, dass Neo Agent Smith absichtlich neu programmiert hat, um ein Virus zu sein, und dass er daher definitiv ein von Neo entworfener Virus ist und kein Fehler, der von selbst aufgetreten ist. Mit Matrix Revolutions rettet Neo die Matrix vor dem Smith-Virus und verhält sich daher selbst wie ein Antivirenprogramm. Das bedeutet, dass Neo eine Transformation und Agent Smith eine Transformation durchlaufen hat. Charaktertransformationen sind im gut geschriebenen Kino absichtlich und üblich, und dieses Umdrehen wird bedeutungsvoller, wenn sie genau die Rollen von Virus und Antivirus austauschen (ein weiterer Grund, auf Viren zu schließen, nicht auf Fehler).
Abschließend möchte ich darauf hinweisen, dass Neos Plan, die Matrix vor Agent Smith zu retten und einen Friedensvertrag mit der Matrix abzuschließen, eine Entscheidung war, die er viel früher getroffen hatte. Zu Beginn von Matrix Reloaded führt Neo ein ausführliches Gespräch mit The Oracle, in dem sie darauf besteht, dass er bereits eine Entscheidung getroffen hat, aber noch nicht bereit ist, seine Entscheidung zu verstehen. Obwohl dies so interpretiert werden kann, dass es auf mehrere Entscheidungen zutrifft (dh seine Entscheidung, Trinity zu retten. Beachten Sie auch, dass Vorhersagen von Orakeln in der griechischen Mythologie sich für mehrere Interpretationen eignen und manchmal Fehlinterpretationen die Handlung dieser Mythen bestimmen. Beachten Sie auch, dass Neos Entscheidung, zu retten Trinity korrelierte mit seiner damaligen Überzeugung, dass die Prophezeiung eine Lüge war. Es scheint angemessen, dass dies wahrscheinlich auf seine Entscheidung zutrifft, Agent Smith als destruktives Virus neu zu programmieren. Zu diesem Zeitpunkt hatte er wahrscheinlich kein vollständiges Verständnis dafür, welchen Nutzen es bringen würde, Agent Smith neu zu programmieren. da es kurzfristig so aussah, als wäre Agent Smith einfach ein größeres Ärgernis als zuvor. Es stellt sich heraus, dass es ein noch nicht offensichtliches, logisches Endspiel für die Neuprogrammierung von Agent Smith gab.